VID galvenais uzdevums ir iekasēt valsts nodokļus, nodevas un citus valsts noteiktos maksājumus noteiktā laikā un pilnā apjomā saskaņā ar normatīvo aktu prasībām. Tādējādi, veicot nodokļu maksātāju apkalpošanas, nodokļu parādu piedziņas un nodokļu kontroles funkcijas, tiek panākta sabiedrības uzticēšanās un brīvprātīga nodokļu saistību izpilde.
Viena no nodokļu administrēšanas pamatfunkcijām ir nodokļu kontrole. VID galvenie uzdevumi un pienākumi nodokļu kontroles jomā ir noteikti likumā “Par Valsts ieņēmumu dienestu” un likumā “Par nodokļiem un nodevām”.
Lai nodrošinātu savlaicīgu nodokļu un citu valsts noteikto maksājumu budžetā aprēķināšanu, VID lielu uzmanību pievērš preventīvam darbam ar nodokļu maksātājiem, kas ietver gan nodokļu maksātāju informēšanu par VID iesniegtajās deklarācijās konstatētajām kļūdām vai neatbilstībām, gan konsultējot nodokļu maksātājus par normatīvo aktu normu pareizu piemērošanu.
Ja nodokļu maksātājs VID preventīvā darba rezultātā nenovērš konstatētās kļūdas vai neatbilstības deklarācijās un, veicot nodokļu maksātāja riska analīzi, tiek konstatēts, ka nav ievērotas normatīvo aktu normas, tad, izvērtējot riska analīzes rezultātus, nodokļu maksātājs tiek virzīts atbilstoša nodokļu kontroles pasākuma veikšanai.
Nodokļu kontrole tiek īstenota, veicot tematiskās pārbaudes, nodokļu auditus, datu atbilstības pārbaudes, nodokļu apmēra precizēšanu, apsekošanas, novērošanas, ar mērķi nodrošināt pilnīgu, savlaicīgu un taisnīgu nodokļu un nodevu aprēķināšanu un iekasēšanu.
Bez tam saskaņā ar likuma “Par nodokļiem un nodevām” 23.panta 4.1 daļu VID pēc kriminālprocesa virzītāja pieprasījuma, pamatojoties uz kriminālprocesa virzītāja iesniegtajiem dokumentiem un nodokļu administrācijas rīcībā esošo informāciju, veic nodokļu aprēķinu un sniedz atzinumu kriminālprocesa virzītājam par budžetam nodarīto zaudējumu [budžetā nenomaksāto nodokļu (nodevu) un valsts noteikto maksājumu] summu. Šādā kārtā sagatavots atzinums nav administratīvs akts. Uz atzinumu neattiecas šajā likumā paredzētā lēmumu apstrīdēšanas un pārsūdzēšanas kārtība.
Nodokļu aprēķins tiek noformēts, sastādot atzinumu – nodokļu aprēķinu par budžetam nodarīto zaudējumu summu.
Atbilstoši Ministru kabineta 2009.gada 17.jūnija noteikumu Nr.573 “Kārtība, kādā administrē Eiropas Lauksaimniecības garantiju fondu, Eiropas lauksaimniecības fondu lauku attīstībai un Eiropas Zivsaimniecības fondu, kā arī valsts un Eiropas Savienības atbalstu lauksaimniecībai, lauku un zivsaimniecības attīstībai” 40.2 punktam VID saskaņā ar Padomes 2008.gada 26.maija Regulu (EK) Nr.485/2008 par dalībvalstu veiktām Eiropas Lauksaimniecības garantiju fonda finansēšanas sistēmā ietilpstošo darījumu rūpīgām pārbaudēm veic ar eksporta kompensācijām saistīto darījumu padziļināto pārbaudi par finanšu gadu pirms iepriekšējā gada 15.oktobra tajos uzņēmumos, kuri ir saņēmuši eksporta kompensācijas no Eiropas Lauksaimniecības garantiju fonda. Padziļinātā pārbaude ir nodokļu administrācijas fizisko un juridisko personu grāmatvedības dokumentu pārbaude, lai pārliecinātos, vai Eiropas Lauksaimniecības garantiju fonda finansējuma sistēmā ietilpstošie darījumi eksporta kompensāciju jomā ir faktiski veikti un pareizi atspoguļoti grāmatvedības uzskaitē.
Lauku atbalsta dienests pieņem lēmumu un informē nodokļu maksātāju par padziļinātās pārbaudes veikšanu, norādot tās termiņu, pārbaudāmo periodu un nodokļu administrācijas amatpersonas, kuras veiks padziļināto pārbaudi. Par padziļinātās pārbaudes laikā konstatēto nodokļu administrācija noformē padziļinātās pārbaudes aktu un nosūta to Lauku atbalsta dienestam lēmuma par padziļinātās pārbaudes rezultātiem pieņemšanai.
Lai nodokļu kontroles process noritētu bez pārpratumiem, savstarpējai saskarsmei starp nodokļu maksātāju un VID ir jābūt labvēlīgai, tādējādi veicinot abpusēju sadarbību.
Informācijas iegūšanai par nodokļu maksātāju VID izmanto tikai likumā noteiktās metodes. Arī nodokļu maksātājs nodokļu kontroles laikā ir tiesīgs pieaicināt profesionālu ekspertu vai konsultantu. Nodokļu maksātājs nodokļu kontroles laikā var sniegt paskaidrojumus un citu informāciju, izņemot gadījumus, kad nodokļu normatīvie akti to neparedz. VID visiem nodokļu maksātājiem nodokļu likumu prasības piemēro vienādi un nepieļauj atšķirīgu likumu normu traktējumu.