Lai nodokļu kontroles pasākumus veiktu nodokļu maksātājiem ar visaugstāko nodokļu nemaksāšanas risku un efektīvi izmantotu VID rīcībā esošos resursus, liela uzmanība tiek vērsta nodokļu kontroles pasākumu plānošanai un pārbaudāmo objektu atlasei.

Lai nodrošinātu nepārtrauktu nodokļu kontroles darbu, analizējot VID rīcībā esošo informāciju par nodokļu maksātājiem, ņemot vērā Valdības deklarācijā par Ministru kabineta iecerēto darbību noteiktos uzdevumus, izmaiņas valsts ekonomiskajā situācijā, kā arī iepriekš konstatētos nodokļu nemaksāšanas riskus, saskaņā ar VID rīkojumu tiek noteiktas VID nodokļu kontroles prioritātes.

VID nodokļu maksātāju atlase datu atbilstības pārbaudēm, nodokļu auditam, tematiskajām pārbaudēm, novērošanām un apsekošanām pamatojas uz VID rīcībā esošās informācijas izvērtēšanu un iespējamā riska faktora noteikšanu.

Nodokļu kontroles procesu VID raksturo šāda shēma:

Informācijas iegūšana
Nodokļu kontroles process sākas ar informācijas iegūšanu un apkopošanu par nodokļu maksātāju, kam kalpo gan VID iekšējie informācijas ieguves avoti, kas ir pieejami VID Informācijas sistēmās - tādi kā nodokļu maksātāja reģistrācijas dati, nodokļu maksātāju iesniegto deklarāciju dati, iepriekš veikto nodokļu kontroles pasākumu rezultāti, gan ārējie informācijas ieguves avoti, kad informācija tiek iegūta no plašsaziņas līdzekļiem, citām valsts un pašvaldību institūciju datu bāzēm, kurām VID ir piekļuves tiesības vai to informācija ir iekļauta VID Informācijas sistēmās, no citu valstu nodokļu administrācijām vai arī no trešajām personām.

Informācijas analīze un riska noteikšana
Izmantojot VID Informācijas sistēmās esošo informāciju no nodokļu maksātāju iesniegtajām deklarācijām, tiek veikta deklarācijās uzrādītās informācijas analīze, kuras mērķis ir operatīvi apzināt tos nodokļu maksātājus, kuri pakļauti vislielākajam riskam nodokļu nenomaksāšanai atbilstoši pastāvošajai likumdošanai.

VID nodokļu kontroles pasākumu atlasē tiek izmantota datorizētā nodokļu maksātāju riska novērtēšanas sistēma ESKORT, ar kuras palīdzību pēc noteiktiem riska kritērijiem tiek veikta riska analīze juridiskajām personām un katrai izvērtētajai juridiskajai personai tiek piešķirti riska punkti, kuru lielums raksturo nodokļu nemaksāšanas riska pakāpi. Plānotajiem nodokļu kontroles pasākumiem tiek atlasīti nodokļu maksātāji, kuriem konstatēts augsts nodokļu nemaksāšanas risks. Nodokļu nemaksāšanas riska kritēriji pastāvīgi tiek pārskatīti un nepieciešamības gadījumos tie tiek pilnveidoti, kā arī izstrādāti jauni.

Savukārt fizisko personu analīzē un nodokļu kontroles pasākumu atlasē tiek izmantota fizisko personu riska analīzes sistēma RASA.

Izvērtējot nodokļu maksātājiem konstatētos riskus, tie tiek novirzīti atbilstoša nodokļu kontroles pasākuma veikšanai – nodokļu auditam, tematiskajai pārbaudei, apsekošanai, novērošanai vai datu atbilstības pārbaudei.

Arī pēc citu nodokļu administrēšanas pasākumu veikšanas nodokļu maksātājiem var uzsākt nodokļu auditu, tematisko pārbaudi, apsekošanu, novērošanu vai veikt datu atbilstības pārbaudi vai nodokļu apmēra precizēšanu.

Nodokļu kontroles pasākumu plānošana
VID, ņemot vērā nodokļu kontrolei pieejamos resursus, sagatavo nodokļu kontroles pasākumu darba plānus noteiktam periodam. Tematisko pārbaužu darba plāni tiek sagatavoti  reizi nedēļā, apsekošanu un novērošanu darba plāni tiek sagatavoti pēc nepieciešamības, bet nodokļu audita darba plāns tiek sastādīts reizi mēnesī.

Neplānotie nodokļu kontroles pasākumi
VID veic arī neplānotos nodokļu kontroles pasākumus. Neplānotie nodokļu kontroles pasākumi tiek veikti, ja ir nepieciešama tūlītēja operatīva rīcība (piemēram, tiek saņemta sūdzība par nodokļu maksātāju, pēc kriminālprocesa virzītāja pieprasījuma vai VID rīcībā ir nonākusi informācija, kas liecina par izvairīšanos no nodokļu maksāšanas).